Ochrona przyrody i różnorodności biologicznej to również ważne tematy współpracy transgranicznej. Przyczynami niekorzystnego stanu różnorodności biologicznej są m.in niszczenie i utrata siedlisk przyrodniczych oraz skutki inwazyjnych gatunków obcych.
W miastach i gminach pogranicza polsko-czeskiego, występują tereny nieużytkowane (pozostawione) lub intensywnie zagospodarowane. W gminach brakuje więc biotopów ważnych nie tylko z punktu widzenia zachowania różnorodności biologicznej różnych gatunków zwierząt (zwłaszcza owadów), ale także występowania rodzimych gatunków roślin i poprawy mikroklimatu w gminach. Brakuje również profesjonalnych informacji dla przedstawicieli podmiotów, które decydują o zagospodarowaniu terenów w gminach, a także dla zespołów zajmujących się takimi obszarami. Brakuje też praktycznych przykładów profesjonalnie założonych mniejszych i większych łąk, które byłyby wzorem dla innych społeczności i podmiotów oraz przyczyniłyby się do motywacji i inspiracji.